第二节 回京佐政，深得帝王信赖
从顺治五年（1648年）至顺治十年（1653年）五月，在这5年中，洪承畴所起的作用要比前次入京佐理机务的作用更大。但也有个过程，他二次入京的时 候，恰恰是前面提到的两件涉及他本人的案件之后，尽管朝廷仍然信任他，但这两个案子多少对他有些影响，洪承畴并没有因在江南为清廷建树功勋而升迁。他回到 京城虽然受到皇帝、太后的热情款待，但仍是原官原职。第二年，多尔衮任命洪承畴和范文程、刚林、祁充格、冯铨、宁完我、宋权，一同充任《太宗文皇帝实录》 一书编纂的总裁官。
多尔衮在百务繁忙中，亲自过问"太宗实录"的编纂，是有政治目的的，那就是希望按照他的意思来剪裁史料。他命令总 裁官刚林从太祖实录里，删去多尔衮生母、太妃纳喇氏不愿殉葬的记载。刚林同范文程和祁充格一齐把这一部分内容抹去。刚林等人为编太宗实录，还将在盛京时所 录的太宗史册的内容加以增减；对多尔衮所做的一些不好的事，也没有写入史档。编纂的工作刚开始不久，多尔衮就去世了，很快又被指控谋逆，这项工作不得不停 顿下来。
多尔衮在世时重用的刚林等人，均受到牵连，删改太宗实录和增减太宗史册，自然成为他们的罪状。这个权重一时的文臣领衔大臣刚 林，虽然为官廉洁奉公，很有才干，只因受到多尔衮的荣宠，以所谓的密谋叛逆罪被处死。总裁官里的祁充格也被处死，只有范文程因多尔衮对他的疏远，得到顺治 帝的保护，"仍留原任，前所行情罪已结，今后于委任职掌，当矢忠报效"。这次政治动荡波及编纂太宗实录的班子，为首的刚林、祁充格已经处死；受多尔衮宠信 的冯铨，也在顺治帝亲政后对多尔衮势力的清洗中，被赶出了朝廷；洪承畴虽受多尔衮重视，但看来并未卷入这场政治斗争。不过编纂班子主要人员死的死，走的 走，编纂工作不能继续进行。
到顺治八年（1651年）底，弘文院大学士希福又奏请编纂"太宗实录"，得到顺治帝的许可。希福是个有文 才的满洲儒臣，兼通满、汉、蒙古三种语言。皇太极时，就以内院大学士参与翻译、编纂史籍的工作，只是由于多尔衮与满洲贵族争权，希福成为牺牲品，不仅没被 任用，还被废黜了6年。直到顺治帝亲政，重新任命他为弘文院大学士。顺治九年（1652年）正月，顺治帝又一次命纂修"太宗实录"并重新任命编纂班子。
这次修纂与前次相比主要是班子的变化，两个班子都有的总裁官只有3人，即范文程、洪承畴和宁完我。而在这三人中，只有洪承畴一人没有涉及这场政治风波。当然，这个班子组成后1年多，洪承畴又一次被调往南方，也就没有再参加"太宗实录"的编纂工作。
除了编书，洪承畴还在顺治六年（1649年），做了会试的正考官。满洲贵族为了笼络和收买汉族地主知识分子，早在皇太极后金天聪三年（1629年），就 开始在境内施行科举考试。崇德三年（1638年），清朝录取的举人有10名。清初缺少文官，中举的多被授官任职。清朝入关以后，为了消除读书人的反清情 绪，更为了健全从中央到地方各级统治机构的需要，顺治帝于北京登基的诏书上，就定下了乡试和会试的时间。
此后，清初的不少汉臣，都一再提醒满洲最高统治者，要倡导科举使"读书者有出仕之望，而从逆之念自息"，这是"不劳兵之法"。
洪承畴本人是进士出身，自然也积极倡导科举，加之学识渊博，清朝统治者就令他担任会试的正考官。入关以后，清朝首次会试在顺治三年（1646年）二月， 中试名额为400人。明代的科举，一般取300人左右，清初为收拢人才，增加了100名。原定顺治六年为第二次会试，为了广招人才，又于顺治四年增加了一 次会试。所以，顺治六年的会试已是第三次了，中试名额仍为400人。这次考中的进士，著名的有：左敬祖、吴正治、汤斌、熊伯龙、郝浴、李本晟、王清、曹本 荣、张士甄、马绍曾、施闰章，皆一时贤才。
这些进士经过殿试分为三甲，全部授官，一甲的授翰林院官，二甲的分授参议，三甲全授知府。那时两广初定，三甲的知府都分到两广等省补用。
回京以后，洪承畴任职的态度仍然是积极的，他时常上疏提出有利于治国安邦的各项建议。如，那时由于清统治者实行民族压迫政策，加之清初经济凋敝，各地人 民的反清情绪高涨。尤其是顺治五年、六年的大同总兵姜瓖起兵反清，引起山西大部分和陕北一些地区的响应，波及面广，距清朝的统治中心又近，真可说京城之外 烽火连天了。顺治六年（1649年）八月，尽管姜瓖的反清主力被镇压下去，但是，他的支持者仍在各地广为活动。洪承畴看到这种形势，提出加强京畿地区巡缉 的建议。
在这段时间里，洪承畴上疏中影响较大的，是提出了选官的保举连坐法。清初从中央到地方缺官现象严重，多尔衮等清朝统治者，急 于健全各级官僚机构，使国家机器能够正常运转起来，因此选官的范围比较广泛，对明朝降官，基本上是原官供职。多尔衮明确主张不必苛求，只要愿为清廷效力， 都可委任。这样一来，不免泥沙俱下，鱼龙混杂，像福建的巡按周世科，倚仗自己是关外旧人，到地方上为非作歹，导致福建人民被迫起而反抗。像类似的事，不只 一件。针对这种现象，洪承畴指出任官不能贤愚不分，尤其是封疆大吏，要用得其人。为此他提出了保举连坐法：
平治天下之道，在于各省督 抚总兵，俱得其人。然人才难得，知人亦不易。旧时会推，原有成例。正为一人见闻有限，必合众论乃为无私。今欲用得其人，宜实行保举连坐之法。如督抚、总兵 员缺，令吏、兵二部满汉堂官详加评注，自书姓名保举，再以咨询左右大臣，议论相合，方行点用。俟后有功效，保举者受荐贤之赏；若旷职偾事，保举者受妄昧之 罪。庶封疆、民生，两有攸赖矣。
洪承畴的这个办法，可以促使举荐的人慎重行事，也可以在一定程度上避免滥荐亲信、门人，而不论品德才能。他的这个建议得到多尔衮的赞同，立即以皇帝圣旨下达：
以后用督抚镇，著内院九卿会推。若有独知灼见，情愿保举者许自行保举，得人者，升赏；误举者，连坐。