经济封锁，退居厦门孤立无援
顺治十六年（1659）年底，郑成功得到清兵即将围剿厦门的消息。面对十分危急的形势，郑成功立即召开会议，分析敌我双方形势， 布置反围剿的准备工作。将士们一致认为，经过这么多次的战争，清廷的军队也遭到了严重的削弱，在短时间内还难以将军队聚集起来再次发动进攻。所以，当务之 急，就是要抓紧时间备战迎敌；另外，清军以北方陆军士兵围剿我海岛水师，是以短制长，犯了兵家大忌。随后，郑成功还谈了自己的设想：驱逐荷兰殖民者，收复 台湾，一则解救台湾同胞于水深火热之中，二则可将台湾辟为抗清的根据地，厦门的大后方。
顺治十七年（1660），郑成功退回厦门后， 一边招募失散的将士官兵，修整战船，打造武器，一边等待北京清政府的动静。他祭祀阵亡将士、安抚阵亡将领家属，厚给抚恤，议定南京战役的功罪，使人心渐渐 稳定，兵力又有所恢复。三月，郑成功得报，说清将素达已到达泉州，正在修理水师，准备要来攻厦门。四月，探报称清兵出征马匹已备齐，船只器械、舵梢也备 好，定下期限，即将来进犯厦门。
郑成功派人将各提督统镇官兵家属搬往金门，并布下重兵结为船队，前往崇武停泊，以抵御泉州港和所有从 上流来的清兵船只。为鼓舞士气，郑成功向全体官兵发出一道谕令。他在谕令中指出郑军的优势，清军的短处，以消除官兵中存在的畏清心理。郑成功回顾了与清军 在瓜洲、镇江之战，说明清军并非不可战胜。而且此次清军舍弃了马之长技，而与郑军争衡舟楫之间，不仅船只少，而且所用人员也大多是叛降者。因此，郑军能取 胜是很明显的。为了激发将士斗志，他约定又特设一赏格，不论大小将领官兵，一律照赏格立功受奖。
顺治十七年（1660）四月二十六 日，清军泉州港水师船只200余艘，进到祥芝澳，步兵登陆，船只傍山边而行，停泊在围头，步兵就地扎营。郑成功则一切准备完毕，只等敌人来攻。五月，李率 泰和素达，带领降将施琅、黄梧等人合力进犯。素达兵进海门，李率泰兵进金门附近浯屿。五月十日，双方在海上大战，各有伤亡。中午时分，郑成功站在中军舰 上，一手拿着指挥旗，一手拿着宝剑，问左右将领："海面是否已经平静？"诸将回答："平静了。"郑成功胸有成竹地说："海流平静就潮转，潮转风就随之而 转。"于是下令发出信号，命令各船发起进攻。郑成功下到八桨快艄上，来往巡视，鼓舞士气。果然，顷刻之间，海面上刮起了强大的东风，波涛翻滚，船只上下猛 烈颠簸。郑成功手持战旗，指挥各船与清军交战。清军在郑军的猛烈攻击下阵脚大乱，死伤无数。李率泰领兵从浯屿赶来增援，被早有准备的郑军两面夹击，焚烧清 军船只。敌船处于逆潮之中，船只互相碰撞，损坏无数。船上清军，站立不稳。在郑成功的领导下，郑军在退居厦门后取得了第一次胜利。
然 而，此时的清军攻势很强大，形势对郑成功来说还是很不利的。清军分水陆两路向厦门扑来，两军在海上展开了激烈的战斗。当天早晨清军400条战船趁着涨潮， 攻击海澄县东北角的圭屿。郑成功的大将陈辉和周瑞率领战士拼死反击，终因寡不敌众，周瑞壮烈战死，陈辉退入船舱，点燃炸药，与到船上的多名清兵同归于尽。 陈辉的壮举，吓得清兵以后再也不敢贸然登船。
后来，驻守高崎的郑军右虎卫陈鹏暗中通敌，他派人与同安的清军总兵施琅密谋，准备在施琅 兵至时，放空炮，让他顺利登岸。施琅以为自己策反已经成功，并且按照陈鹏当时的许诺还能够争取更多的将士，所以，当施琅的军队登陆的时候，陈鹏的弟弟陈蟒 不顾一切地领兵冲杀出来。清军以为是陈鹏出来迎接，毫无防备，等明白过来时，已被杀得溃不成军。这一仗，清兵被郑军斩杀或被潮水淹死，不计其数，清军大 败。而通敌的陈鹏，被郑成功抓住，将其斩首，以正军法。从此以后，素达、李率泰的军队再也不敢来进犯了。经过这次战役之后，清军的精锐部队遭到了毁灭性的 打击，使得清廷再也没有精力在短时间内组织征剿了。
六月，郑成功派使者去见素达、李率泰，并送去妇人穿戴的衣帽，要求他们进行决战， 否则，便接受巾帼，表示低头认输。素达、李率泰忍受郑成功的侮辱，始终不敢再战。素达在朝廷的压力下，不久便在福州吞金自杀了。郑军虽打败了清军的进攻， 暂时保存了基本力量，但整个抗清形势，对郑军来说依然不容乐观。
素达、李率泰被郑成功打败以后，清政府看到郑成功仍得到东南沿海人民 的拥护，东南沿海一时难以平定，感到非常棘手。于是，清廷暂停了进攻，但却同时加紧了对郑军的封锁。郑军的处境日益不妙起来。随后，清廷对江南各府州县迎 接郑成功的人进行了严厉的追查，株连被杀的极广。经此一挫折，江南士民盼望复明，怀念故国之心，遭到巨大打击，从此死灰再也难于复燃了。整个形势对郑军极 为不利。在军事上郑军成为一支孤军；在政治上江南百姓面对清廷的残酷镇压，也不敢再对郑军友好了。
面对这样严峻的局势，郑成功重新调 整了军队的组织、将领，分派各镇到温州、台州、舟山各港地方屯扎、征饷，休养训练。同时，郑成功发布告示，广行招募旧时散佚的官兵，修整船只，备造军器， 兵力渐渐有所恢复。东进台湾，转移根据地是他思虑已久的事情。他考虑派遣前提督黄廷、户官郑秦督率援剿前镇、仁武镇前往台湾，打平障碍，安顿将领官兵家眷 以为长久之计。
同时，清政府又采取了经济封锁政策。清政府采纳了原是郑成功部属、熟知福建情况的降将黄梧提出的"平海五策"，就是想 把闽、浙沿海一带的老百姓与郑成功隔离开来，切断郑成功与老百姓的一切联系。黄梧熟知郑军及东南沿海的情况，他给清政府呈上的所谓"平海五策"具体内容 是：
1.金门、厦门以小小的弹丸之地，之所以能够抗守至今而不溃败，是因为沿海百姓为了获利铤而走险，供应给郑军粮饷油铁桅船等物 资。如果将山东、江苏、浙江、福建、广东沿海居民全部迁往内地，并设立边界，派兵把守，不许百姓到沿海生活，防止百姓与郑军接触，那么就切断了郑军的物资 来源，郑成功就不攻自灭了。
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