父子离心，郑成功抗清失利
清军在占领北京后，便开始向南方进军。而到了此时，只有隆武政权还能够和清军抗衡。因为此时郑芝龙的军队主要是水军，而清军一时难以在海上与之较量。然而，此时的隆武政权已经是内忧外患，虽然他一心想有所作为，兴复明室，却也是回天乏力。
尽管形势不容乐观，但是，郑成功的抗清决心还是给了隆武帝一丝希望。郑成功与其父迥然不同，隆武帝对他寄予很大希望，但是也有很多的顾虑。因为郑芝龙毕 竟是郑成功的父亲，并且还手握军政大权。隆武帝登基后第一次议政的时候，郑芝龙就表现得非常跋扈，根本就没有将隆武帝放在眼里。所以，在后来的时间里，每 每想到这件事，隆武帝总是心有芥蒂，而且一直心神不宁，寝食不安。当他一人的时候，竟时常感叹流泪。
后来，郑成功得知父亲在第一次早 朝就对隆武帝颇为不恭的时候，也是深感不安，长吁短叹，情绪一落千丈。隆武帝知情后，要单独召见郑成功。郑成功知道隆武帝的心思，于是就很痛快的面见了隆 武帝。其实，此时的隆武帝也还是有很多的顾虑的，如果他袒露了心事，恐会引起郑芝龙的猜忌，弄不好还会有兵变。但是，无奈之下，隆武帝也只好尽力一试了。 于是，看到郑成功之后，隆武帝就开门见山地问郑成功："众臣很敬重、也很仰仗你父亲，希望他为抗清复明的事业多做贡献；朕也很器重他，可是你父亲偏偏有负 众望，言语之间显得很有抵触情绪。不知他能不能与朕共渡难关？"
郑成功说："启禀皇上，明人不说暗话，我父亲是靠不住的。陛下应早作 计议为好。"郑成功的这些坦诚的话语，让隆武帝感觉到自己又有了希望，这让他顾虑了很久，又疑惑了很久的问题终于有了答案。于是，他又接着问郑成功："倘 若你父亲一意孤行，舍此就彼，你该当何为？是弃父还是弃朕？"隆武帝见郑成功没有一丝一毫为其父遮掩的意思，敢直言其事，对他产生了期盼："你真能割舍父 子之情，各行其是？"
郑成功斩钉截铁地说："一定能，非但能，而且是不惜身家性命捍卫大明江山。"
这次与郑成功 之间的单独谈话，让隆武帝似乎又看到了兴复明室的希望。但是，在那个局势瞬息万变的动乱年代，仅凭一己之力，要想做成大事是不可能的。随着局势渐渐不利于 抗清斗争，为了鼓舞士气，无奈之下，隆武元年（1645）十一月十四日，隆武帝下诏亲征，命邓王监国，首辅何吾驺随营，命曾樱、郑芝龙留守，负责转饷，命 郑鸿逵为御营左先锋，出浙江，郑彩为御营右先锋，出江西。郑芝龙为了避免众人的不满，便分给了郑鸿逵、郑彩各数千人，号称数万，从帝出征。但此时，清军南 下的攻势非常猛烈。郑芝龙开始越来越明显地阻挠隆武帝与清军对抗的行动。兵法上说，"兵马未动，粮草先行"，但是二郑出仙霞关后，郑芝龙便推托粮饷不足而 不再向前。此时的郑鸿逵驻在仙阳镇。尽管隆武帝发出檄文紧急催促，但是，此时的郑芝龙已经全然不听隆武帝的调配，多次催促无果之后，没过多久隆武帝率领的 军队就陷入了困境。
不听调配，按军法当斩。郑芝龙倒是不怕这些，但是郑鸿逵却担心有人到福州向隆武帝报告实情。于是，他就下令严禁儒 生从仙霞关出入。郑彩也以缺饷为由，出关百里又返回原地。郑芝龙不仅自己不肯出关，而且限制他认为是异己的力量。隆武朝中吏部文选郎林垐，主管铨选，他认 为此职是太平时期的政务，并非用兵之时的急务，于是便辞官募兵数千人，准备北上抗清，但遭到郑芝龙的多方阻挠。林垐被迫入山，并置备了一副棺椁和一袭布 衣，大书"大明孤臣之柩"六字，以待死。
尽管郑芝龙不听调配，并且也不供应粮草，但是隆武帝的抗清决心一直不曾动摇。由于战事需要， 隆武帝决定从汀州进入江西，于隆武二年（1646）三月初六从建宁府登舟，顺流而进，于十一日抵达延平。然而，郑芝龙为了达到挟天子以令诸侯的目的，不愿 隆武离开福建，因此坚决请求隆武帝回驾福京天兴府，他这样做也是为最后降清做工作。他鼓动了数万军民，遮道号呼，拥阻隆武帝的车驾，隆武帝被迫驻跸延平， 就把府属作为行宫。此后隆武帝被郑芝龙束缚住了手脚，许多北上抗清的策略都受到郑芝龙的限制。不久，清军加强了对南明的进攻。五月初，清军进逼赣州，各路 明军都不敢应战，纷纷溃逃躲避。不久浙东也被攻占。
明隆武二年（1646）六月，清军攻克钱塘江防线，鲁王逃往海上，他的王公大臣也 各奔东西，有的投降了清朝，有的投奔隆武帝以求苟延残喘。其实，按照当时的形势来看，隆武帝的军队主要擅长水战，而鲁王当时的实力也是比较强大的，如果唐 王当时能和鲁王联合，全力以赴抗击清军的话，完全可以抵挡一阵子。古语说，唇亡齿寒，在这个危急的时刻，他们心中还是在想着争权夺势，而不是同仇敌忾，所 以，这也决定了他们的必然灭亡。果然，没过多久，清军就实施了各个击破的战略，鲁王政权没有抵抗多久就灭亡了。很明显，鲁王政权一倒，接下来清军就会集中 力量来消灭隆武政权了。而此时的清军士气正旺，攻战正酣，这似乎正预示着什么。
尽管如此，隆武帝的军队在当时也占有地理优势。因为在 福建地区高山很多，多为不可轻易而过的高山和森林，是十分理想的天然屏障，可以说是"一夫当关，万夫莫开"。另外，清朝军队经不住炎热天气的考验，也不习 惯在海上作战。郑芝龙的手下有许多精兵良将，还有一批训练有素的精锐水军，他们有坚利的战船，他据险而守，扬长避短，以水军迎战是可以有效阻击清军的。
但是，抗敌的大忌就是内部不和。人心不和就没有战斗力。郑芝龙本来就是一个投机取巧、唯利是图的小人，他拥立唐王不过是在当时情况下的一种投机行为，现 在看见明朝大势已去，他又恐怕自己的财产被清军收缴和毁坏，因而不愿意离开他的安乐窝，更不可能去过从前那种漂泊不定的海上生活。所以，还没等到清军来收 买他，他就主动派人和清军联络，并写信给清军的高官，声称自己对清朝向往已久，恨不得自己生在满族的家庭里，对清朝的治国方略和用人之道深为叹服，随时准 备降清。于是，郑芝龙在这样的紧急关头，竟决定从北边全线撤兵，他决定抛弃隆武帝，退保老家安平。他已与清军暗中来往，对隆武帝只是阳奉阴违而已。
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